Drużyna pogrążona w żałobie – wiele się zmieniło od czasów Fox River i wszyscy żądają od agenta Selfa, by wbrew wcześniejszym ustaleniom, zamiast anonimowego pogrzebu, wydał zwłoki Bellicka jego matce z honorami. Dopiero wtedy wracają do swoich zadań. Gretchen przekazuje Michaelowi i Donowi brakujące strony ze schematu sporządzonego przez Whistlera, ma też dla nich złe wieści. Po ostatnich niepokojących incydentach Firma przerzuca swoje archiwum w inne miejsce - do Pensylwanii. Pozostaje im tylko dzień, by dokończyć akcję w Los Angeles, którą wcześniej zaplanowali na tydzień. Scofiled teraz już dysponuje kompletem informacji na temat zabezpieczeń Scylli, ale ich analiza prowadzi do wstrząsających wniosków. To nie plany konkretnego budynku, a swoista łamigłówka konstrukcyjna. Aby ten szyfr właściwie odczytać, potrzebują we własnej osobie autora tego projektu, nazwiskiem David Baker. Chwilę potem Michael traci przytomność i Sara zabiera go do szpitala, gdzie badania potwierdzają, że jego stan jest poważny. Gdy Lincoln i Sucre wracają do Gate, by szukać dalszego przejścia, Mahone odnajduje legendarnego architekta. Baker ukrył się przed światem w swojej podmiejskiej rezydencji. Ale równie szybko, jak Alex docierają do niego ludzie Firmy i żądają, by „pomógł” w demontażu zabezpieczeń przed planową przeprowadzką Scylli. W starciu z nimi były agent FBI w pojedynkę jest bez szans. Chwile grozy przeżywa Sucre, bo w podziemnym kanale przypadkowo wszedł na coś, co wydaje się miną. Zginie, gdy tylko poruszy się...