Michael Scofield (Wentworth Miller) szybko odkrywa, że został celowo osadzony w Sonie - najcięższym panamskim więzieniu. Ten, kto to ukartował, jest przekonany, że tylko on może podjąć się misji z pozoru beznadziejnej - w określonym czasie wydostać na wolność Jamesa Whistlera (Chris Vance) - tajemniczego współwięźnia, o którym początkowo nie wiadomo nawet, gdzie się ukrywa. Za jego życie wyznaczono bezcenną w tym miejscu nagrodę i niestety Alex Mahone (William Fichtner) też wpada na jego trop... Tymczasem okazuje się, że Sucre (Amaury Nolasco) jednak żyje i odwiedza Bellicka (Wade Williams), żądając informacji o Maricruz. Natomiast T-Bag (Robert Knepper) pnie się po szczeblach więziennej hierachii... Czas nieubłaganie płynie. Michael musi błyskawicznie zapewnić nietykalność swojemu tajemniczemu podopiecznemu i raz jeszcze udowadnia swój geniusz. Woda na ogień. Scofield powinien także jak najszybciej obmyślić plan wydostania się z więzienia - zaaranżowany z całą bezwzględnością przez zimną i zabójczo skuteczną agentkę Susan B. Anthony (Jodi Lyn O'Keefe), na usługach tajemniczej organizacji, zamieszanej w rządowy spisek, ale to okazuje się o wiele trudniejsze. Lincoln (Dominic Purcell) przygotowuje zaplecze i drogę ewakuacji, poznaje też Sofię (Danay Garcia) - niewinną dziewczynę, nieświadomą niebezpieczeństw, na jakie naraża się, walcząc o życie swojego narzeczonego, który też został uwięziony w Sonie. Od Michaela znów zależy los najbliższych mu osób. Zrobi wszystko, co w jego mocy, by ratować bratanka, LJ (Marshall Allman) i ukochaną Sarę, albo zginie próbując... Rozpoczyna się pełen napięcia, porywający pojedynek z Firmą, której nie obowiązują żadne granice. Każda ze stron tej rozgrywki nie ma nic do stracenia.